La construction de l'église est donc vraisemblablement l'œuvre des moines de Saint-Benoît.
Dès 1155, année de "la paix de Dieu", une église paroissiale existait sur la commune.
Elle avait selon les indications de L. A Marchand, correspondant du Ministère de l'Instruction publique en 1845 : trois nefs et se terminait par une abside semi-circulaire, une voûte en pierres assise sur des chapiteaux historiés couronnait tout l'édifice.
En 1789, la convention ayant engagé la nation dans la déchristianisation, le culte public est interdit ; de nombreuses églises sont fermées, affectées à une autre utilisation ou vendues. En ce qui concerne les activités du culte, le village est alors rattaché à la paroisse de Montereau.
Des gros travaux sont entrepris, "une église en perpétuelle rénovation"
Au Moulinet comme dans bien d'autres villages, la désaffection de l'église n'a pas été totalement effective et l'on sait que certains offices ont continué à s'y dérouler.
Si l'édifice n'a pas été vendu, le temps a fait son œuvre, de gros travaux sont entrepris dès 1812.
En 1829, le constat du curé de Montereau, desservant la commune, est identique à celui du conseil municipal du Moulinet. Ils sont sans appel : l'église tombe en ruine, il pleut dans le chœur, de grosses pierres tombent de temps en temps de la voûte, celle qui est au centre menace elle-même de tomber et bien sûr de faire des victimes pendant les inhumations qui s'y déroulent toujours.
En 1840, le conseil municipal déclare l'église "reconstruite" après d'importants travaux touchant à l'aspect et à la disposition du monument (perte des nefs latérales).
En 1864, les voûtes en berceau et les plafonds sont dans le plus mauvais état, ils sont fendus et tombent. Les voûtes seront refaites en briques et plâtre suivant le système breveté "Hurteau", entrepreneur de travaux d'église à Orléans et inventeur de ce nouveau système de voûte.
Les enduits des murs complètement dégradés à cause de l'humidité des terres amoncelées en trop grande quantité du côté du cimetière et de la sacristie, seront refaits en plâtre mélangé de ciment "romain" avec coupe de pierres figurée ; le même travail sera fait dans la sacristie.
- Les couvertures seront réparées.
- Le beffroi de la cloche sera consolidé dans plusieurs endroits.
- La charpente du clocher bien que construite en bois très solide, s'est disjointe et a fait perdre à la cloche son aplomb qui menace de tomber et de se briser.
- La chaire sera reculée pour faciliter la circulation.
- Les vitraux seront consolidés.
- Les cinq croisées de l'édifice seront régularisées en prenant pour type une des anciennes croisées conservées.
- La porte d'entrée sera remplacée.
Les tirants qui traversent le bâtiment seront supprimés et remplacés par des "moises" formant une croix de Saint-André et tenant l'écartement des fermes ainsi que cela a été fait à l'église de Montargis, dont la charpente est établie suivant le même système (Hurteau).
En 1876, les deux piliers extérieurs soutenant la cloche menacent de tomber, une grosse lézarde étant apparue ;leur chute menace d'entraîner le pignon devant l'église et l'on a pu entendre le Maire, Monsieur Moulin, se désoler que la commune ait dû supporter deux fois la reconstruction de son église en 40 ans !!
On fait appel à Monsieur Martin, architecte à Gien, pour ces travaux ; le cahier des charges est approuvé par l'évêché le 6 septembre 1875.
En 1892, la porte du clocher à son tour pose problème. En très mauvaise état elle aussi, elle menace de céder à la force du vent qui, en s'engouffrant par l'ouverture, pourrait avoir comme conséquence de détériorer à nouveau la couverture.
On installe un châssis avec grillage afin d'y coller les affiches sans qu'elles puissent être détériorées par la pluie, le vente ou autre cause.
En 1897, la toiture de la sacristie est réparée.
Cherchant par tous les moyens à réduire la dégradation récurrente de l'édifice, les platanes de la place de l'église qui risquaient d'endommager cette partie de toiture, seront dans un premier temps élagués en 1901 et arrachés en 1910 (ces arbres avaient été vraisemblablement plantés en 1843).
En 1901, la réparation de la toiture étant à l'ordre du jour, le conseil municipal décide de minorer le loyer du jardin d'un are attenant à l'église, afin de ne pas avoir de dédommagement à régler en cas de dégâts au cours des travaux.
En 1934, la corde du clocher qui faisait 10,60 m de long est remplacée (facture Carron) ; la toiture était suffisamment endommagée pour que l'on fasse appel à l'entreprise NIHOU de Gien. Elle sera refaite sur environ 7 mètres de long à partir du clocher ; des pièces de la charpente seront remplacée (en chêne), 400 tuiles manquantes seront posées.
Sur le clocher, la jonction avec la couverture de l'église est reprise, 50 ardoises sont changées. Au final, plus de 40 m2 de charpente et couverture seront refaits à neuf.
En 1947, la foudre détruit en partie le clocher et fragilise le bâtiment (grosses lézardes sur le mur côté sud).
En 1949, des travaux sur la toiture et le clocher sont faits, suite à la foudre.
En 1956, sont exécutés des travaux intérieurs sur les piliers circulaires, la voûte du clocher et les enduits.
En 1961-1965, réhabilitation du monument sous le mandat de Monsieur PROUX, dans l'objectif d'obtenir un classement "monument historique" toiture, charpente du clocher, enduits intérieurs, ravalement sur rue, huisseries.
En 1967, affirmant sa volonté de préserver le bâtiment et d'obtenir sa reconnaissance historique et architecturale, le Maire prend l'attache des services des archives départementales qui viennent sur la commune, afin de rendre un rapport sur l'édifice.
Dans ce rapport, ils signalent une "très jolie église" avec un portail roman à arc brisé et pointes de diamant, ainsi que de beaux chapiteaux romans sur les colonnes engagées à l'intérieur.
En 1984, travaux sur la toiture et sur la couverture des piliers extérieurs.
En 1987, drainage du pourtour.
En 1995, électrification du bâtiment et pose d'un chauffage infra-rouge (derniers travaux réalisés).
Le 17 juin 2012, le conseil municipal autorise Mme le Maire à engager des démarches pour établir un marché d'ingénierie pour la réhabilitation de l'église.
Les travaux débutent le 7 avril 2015 pour des travaux concernant le trainage, la toiture complète du bâtiment, ainsi que celle du clocher et la restauration des façades.
En avril 2016, débutent les travaux à l'intérieur de l'église : assainissement des murs, réfection des enduis sur les murs et la voûte, restauration du mobilier.
Le 1er avril 2017, l'inauguration de l'église Saint-Philippe a eu lieu en présence de plus de 100 personnes, dont les principaux partenaires qui ont permis sa restauration :
- Hugues Saury, Président du Conseil Départemental
- Jean-Pierre Sueur et Jean-Noël Cardoux, Sénateurs
- Claude de Ganay, Député
- Les représentants de la Fondation du Patrimoine
- Les généreux donateurs.
Durant tout le week-end, l'église a été ouverte pour recevoir les nombreux visiteurs qui ont pu ainsi admirer l'intérieur restauré, et ce magnifique décor dit en "fausse pierre".